敌人对王耀南怕得要死，还曾经在电台广播里造谣说，“皇军扫荡消灭了八路军三分区机关，活捉了司令员王耀南”。企图以此动摇游击队的抗日决心。结果被当地的老百姓当成了天大的笑话。
1947年11月22日，王耀南奉命前往运城前线，在朱德“勇敢加技术”的指示下，结合石门战役的经验，协助完成指挥攻克运城的任务。王耀南根据二攻运程不克的教训提出了不能把工兵当敢死队用，应让工兵指导步兵学会土工作业和爆破，强调应克制旅、团指挥员急于进攻的急躁情绪，疏于工程保障的做法；提倡一线部队多流汗，少流血。他完成了运城战役作战计划后报批徐向前等首长，军委复电同意。12月17日夜里，主力开进，扫清了外围障碍，25日总攻开始。敌守军在飞机的掩护下拼死抵抗，胡宗南从南线排除援兵，大举渡过黄河，我军南部告急。王耀南适时地提出了派小部队嵌入护城壕挖短坑道，炸开城墙的险招。结果27日爆破成功，28日运城解放。
1948年2月，徐向前到达翼城指挥临汾战役，王耀南汲取了运城之战的经验教训，根据临汾城墙坚厚、碉堡坚固的实际情况，建议加强部队训练。徐向前亲自召开了营以上千人干部会议，号召大练兵。3月6日，徐向前命令发起临汾战役。敌机不断轰炸我军前沿阵地，临汾守敌工兵又挖了大量的坑道，防止我军攻城和挖坑道破城。战役在空中、地面、地下展开。4月15日，临汾前线坑道挖掘工作全面展开，仅东城就开挖了15条作战坑道和60条掩护坑道。5月18日，历时72天的临汾战役胜利结束。1948年6月1日，临汾战役胜利后的第13天，毛主席在《关于辽沈战役的电报》中高度评价了临汾战役：“徐向前同志指挥之临汾战役，我以9个旅（其中只有2个旅有攻城经验），攻敌2个正规旅及其他杂部共约2万人，费去72天时间，付出15000人的伤亡，终于攻克。我军9个旅（约7万人）都取得攻坚城的经验，是一个很有意义的大胜利。临汾阵地是很坚固的，敌人非常顽强。敌我两军攻防之主要方法是地道斗争。我军用多数地道进攻，敌军亦用多数地道破坏我之地道，双方都随时总结经验，结果我用地道下之地道获胜”。
从1951到1952年，志愿军司令员彭德怀3次命令王耀南到朝鲜负责解决志愿军的防空和防重炮问题，王耀南根据平原地道战的战术提出山地坑道战的战术，解决了志愿军防空和防重炮的问题，在巩固我军三八线的山地防御战中起了极其重要的作用。1953年7月朝鲜停战后，整个三八线山体已经基本掏空，彻底解决了一线山地部队的屯兵、养兵、作战进攻与作战防御问题，甚至可以抗敌重磅炸弹和8英寸（200毫米）口径重炮的轰击，我军每日每个军阵亡人数已由80人降为2~3人。地下坑道被部队誉为“打不垮，炸不烂的地下钢铁长城”。
地雷地道上荧幕
根据总参谋部的指示，王耀南组织作家和艺术家将抗日战争中的“地雷战”和“地道战”的战例改编成有故事情节的军事教学片。他在影片中担任领导小组组长、军事顾问、军事指导。影片中的所有情节都取之于当年的实际战斗，由于受影片长度的限制，还有许多故事没有得到反映，但人民战争的基本思想得到了体现。
《地道战》是上世纪60年代中国战争电影的经典之作。在文化大革命期间，这部电影曾被作为“人民战争”教学片。从1966年至1970年，全国只放三部电影：《地道战》、《南征北战》、《地雷战》。但这两部电影，像王耀南的一生一样走得坎坷，经历了一席波折。
1966年2月，江青在部队文艺工作座谈会上点名批评了10余部电影，其中包括《地雷战》和《地道战》。王耀南深感事关重大，他向中共中央办公厅请求面见毛泽东陈述自己的意见。中共中央办公厅安排他和江青面谈，他在江青办公处据理力争：“《地雷战》、《地道战》影片是贯彻毛主席人民战争思想和《论持久战》的精神；这是抗日战争时期真实战例的汇编；影片是我自己组织指挥的，是工程兵部队和民兵进行训练的军事教材，不是故事片，与作家、演职人员没有关系。”
江青最后无可奈何地让了老将军一步，说到：“你们这些将军只晓得打仗，不懂得艺术。会议上我是批评有些影片的艺术水平差，线条太粗，才点了《地雷战》、《地道战》的名。”江青对总政的负责同志说：“既然王耀南同志再三强调这两部影片是军事教学片，那你们回把片头剪去，注明是军事教学片，继续放映。”当时敢对江青坦诚相争的将军为数不多，王耀南便是其中之一，可见其为人正直坦率。
1966年8月，审查《毛主席去安源》的油画时，对油画的图注是：“毛泽东1920年到安源”，并说毛主席在建党以前就曾去过安源做工人运动。王耀南当即提出异议：“毛主席1920年没有去过安源。1921年秋毛主席去的安源。”他认为应该实事求是。他在博物馆打电话请中共中央办公厅主任汪东兴到毛主席处核实。主席后来答复说：王耀南同志的回忆是正确的。
呕心沥血工兵王
1984年11月3日6时25分，王耀南彻底地离开了他钟爱的工程兵部队和事业。王耀南长期在工程兵部队和领导机关任职，在长期革命斗争的实践中积累了丰富的工兵知识和工作经验。他不仅为组建工程兵部队作出了重大贡献，还对工程兵部队的革命化和现代化建设作出了重大贡献。王耀南的一生是革命的一生，战斗的一生，全心全意为人民服务的一生。他对革命事业忠心耿耿，有坚强的党性和英勇奋战的优秀品质。他尊重领导，团结同志，爱护战士，晚年仍为“四化”建设而奋斗，受到部队广大指战员的爱戴。
王耀南一生堪为悲壮！他参加过毛泽东领导的秋收起义及随后的三湾改编，井冈山斗争、五次反围剿、二万五千里长征；从井冈山到抗美援朝他参加战斗达300余次，5次负重伤，却从不退却；1939年6月与日军川口遭遇战，他3次9处负伤，曾连续8次获得全军通令嘉奖，毛主席派江青持亲笔信前往慰问，信中称王耀南是“民族英雄”。江青代表毛主席把正面铸有“民族英雄”四个字的八路军战伤证章授予王耀南。
虽然他资格老，战功卓著，伤痕累累，可能因工兵是个辅助兵种，也可能因他文化较低，刚直暴烈，8次降职。1955年9月，授衔时他只是一名少将，但他获得二级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。特别是他在红军时期获得可终身免除死刑的二等红星奖章（中华苏维埃共和国政府规定终身免除死刑，现存军事博物馆）和红旗奖章，是他人难以相比的，是对他的最高奖赏和最高评价，也是对工兵（现工程兵）的最高肯定。
